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高通量測序應用最新技術與數據分析高級培訓班通知
點擊次數:1717 發布日期:2018-10-29  來源:本站 本站原創,轉載請注明出處
                             關于舉辦“高通量測序應用最新技術與數據分析”高級培訓班通知
 
各有關單位:
隨著新一代高通量測序技術的快速發展,在準確度大大提高的前提下, 進一步降低測序成本。由此不斷產生出巨量的分子生物學數據,這些數據有著數量巨大、關系復雜的特點,以至于不利用計算機根本無法實現數據的存儲和分析。隨著生物信息學作為新興學科迅速蓬勃發展,正在改變人們研究生物醫學的傳統方式,高通量測序技術以及數據分析技術已成為探索生物學底層機制和研究人類復雜疾病診斷、治療及預后的重要工具,廣泛應用于生命科學各個領域,是21世紀生命科學與生物技術的重要戰略前沿和主要突破口。為進一步推動我國生物信息學特別是基因組學的發展,提高從業人員的技術水平。由中科成創(北京)生物技術有限公司具體承辦,具體事宜通知如下:
 
一、培訓目標及特點:
本培訓以第三代測序、第四代測序技術的應用與數據分析、基因組、轉錄組為主題,精心設計了具有前沿性、實用性和針對性強的理論課程和上機課程。培訓邀請的主講人均是有理論和實際研究經驗的人員。學員通過與專家直接交流,能夠分享到這些頂尖學術機構的研究經驗和實驗設計思路。學員通過集中專題學習后能夠擴展思路,在研究技術方面領悟更多。
二、培訓對象:
大中專院校生物信息、生物計算、生命科學、醫學、化學、農學、計算機科學、數學類專業的課程負責人、一線教師、教研室骨干人員、教學管理人員;科研單位從事生物、生命科學、微生物研究的相關人員;生物、醫藥、化學及相關企業的領導與技術骨干。
三、時間地點:          
2018年11月22日——11月26日 湖北武漢(時間安排:第1天報到,授課4天)
培訓內容 
    章節
  
生物信息學介紹與前沿技術動態
1、全局比對  Clustalw,Muscle,Hmmer
2、局部比對  Blast, Sim4,Genewise
3、序列比對算法分析
 
 
1、新一代測序技術原理和數據處理介紹
2、基因組拼接與組裝
基因組de novo組裝方法
重復序列分析技術
3、 RNA分析
tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA
RNA干擾,SiRNA預測技術
4
、基因預測
原核:Glimmer,真核:Genescan, Augustus
5
基因功能注釋及常用的數據庫介紹
宏基因組
1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING
1.2. 分析流程圖  數據收集、數據預處理、數據分析
1.3. 結果解析
1.4. OTU聚類  1.4.2 物種注釋
1.5 物種分布情況   樣品復雜度分析:α多樣性
Coverage  Chao指數
ACE指數   Shannon曲線   Richness rarefaction曲線
 
DNA測序技術-轉錄組分析的進化
1、第一代測序技術:Sanger測序原理
2、第二代測序技術:Illumina,454, Ion Torrent原理
3、第三代測序技術:PacBio, Hellicos原理
4、第四代測序技術:   Oxford NanoPore原理
5、其他技術Hybridization based methods (NabSys)
Experimental   procedure for transcriptomic analysis
Introduction
Number of duplications
Sequencing coverage
Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)
Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)
IsoSeq Experimental design
Data analysis  (part 1):data pre-processing
 
evaluation of data quality 數據分析
Data format,fasta,fastq,quality value,gff3 Data cleanup
Quality filter, trimmer, clipper
 
Data analysis (part 2):reference free analyses(無參轉錄組分析)
Gene discovery
Trinity de novo transcriptome assembly
Analysis of Differential Expressed Gene (DEGs
Abundance estimation using RSEM
Differential expression analysis using EdgeR
Explore the results (cummerbund)
MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)
hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.
 
使用R語言進行生物信息學相關的分析
使用R語言相關的包對轉錄組等組學的高通量測序數據進行差異表達、富集分析等。
生物信息學專業圖KEGG、GO等的繪制方法與運用R語言進行實現
基因組可視化軟件circos的使用
 
使用circos繪制基因組圈圖
生物信息學專業常用工具及繪圖方法
應用生物信息常用的工具進行專業繪圖及格式轉換;
學BioEdit、WeGO等常用生物學專業軟件的圖表及格式轉換
五、主講專家:
主講專家來自中科院等科研機構的高級專家,擁有豐富的科研及工程技術經驗,長期從事生物信息領域項目研究,具有資深的技術底蘊和專業背景。
六、報名辦法及費用: 
每人¥4300元(含報名費、培訓費、資料費)
報名優惠:11月9日之前成功報名匯款享受報名費95折優惠。
團隊報名:4+1優惠。(5位其中1位免除費用)
食宿可統一安排,費用自理。請各有關部門統一組織本地區行政、企事業單位報名參加培訓,各單位也可直接報名參加,報名回執表請回傳至會務處。
七、 聯系方式:
聯系電話/傳真:010-59479271   17744569660     聯系人:楊老師
報名郵箱:[email protected]
                                       中科成創(北京)生物技術有限公司
                                                  二零一八年十月二十號  
參考附件:報名回執表.doc          
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